この状況は、複数のプラグインをすべて同時にインストールするように選択すると発生します。プラグインのインストールは数分にわたって続行されますが、ブラウザでページがタイムアウトして503エラーが返されます。
待機する以外にとくに操作は必要ありませんが、Tomcatのログファイルでプラグインのインストールを監視することができます。